Моё ошибочное суждение:
0. Очень похоже на проблему с пропажей сигнала Dir и сбоем в Step. Если бы драйвера были разельные, то рекомендовал бы проверить зажим/клеммы проводов.. было такое у меня.. гильза не плотно была обжата.. и внутри Dir периодически исчезал.. потом совсем отвалился..
1. Навести порядок с проводами.
2. Ваш драйвер скорее всего собран на TB6600.. он славится разными приколами. Не дорого можно найти б.у. драйвера, даже здесь на форуме. Например
клац
3. Возможно у вашего драйвера стоит какой-то контроллер, выравнивающих шаги или т.п.. хотя это обычный LPT.. там как правило нет ничего, кроме 245х буферов и опто-пар. И когда начинаются глюки/наводки, этот контроллер ведёт себя не адекватно. Возможно проблема с питанием на самой плате драйвера.
4. Т.к. "геморой блуждающий".. Попробывать начать из далека.. какой джиттер показывает тест в LinuxCNC? Отключены ли в биос всякие опции типа звука, сети, энергосебережения, виртуализация и т.д? Если нет - отключить и повторно запустить latency test.
5. Заменить LPT кабель на толстый, повесить феррит ближе к разъёму, подключенному к драйверу.
6. Соеденить звездой в одной точке корпус шпинделя, корпус частотника, корпус станка, корпус блока питания, корпус компьютера. Выполнить пункт 1. Возьмите старый корпус от ПК и соберите в нём всё электрику.
7. Забыл написать... провода от частотника не должны идти параллельно сигнальным контроллера, на выход ПЧ вешать желательно ферриторвые кольца.. на вход ПЧ - найти и поставить фильтр. Т.к. провода к ШД у тебя не экраннированые, и провод к шпинделю - тоже без экрана, то есть шанс попадания ЭМИ через провода ШД на плату драйвера... ну глюки словить при этом можно легко.. Есть снандартые рекомендации по монтажу... если соблюдать, то шансы получить глюки в работе - сводятся к нулю.. И тут уже съкономить не получиться... Если кратно.. все провода должны быть экранированные и экран должен быть только со стороны щита.. т.е. опять соеденение "звездой". Да.. по дальше частотник от контроллера уберите..
)
Подскажите горе студенту в чпу станкостроении в чем реально может быть проблема или кто с подобным сталкивался. 
