Вопросов очень много, я по частям буду отвечать.
1. Видео с 3D головой это -
https://www.youtube.com/watch?v=3Sil1omjJbc
Интересное начинается с 3:05
Параметр Arm Length - это и есть (R+T) в вашей интерпретации.
2. KSpinBox - это элемент интерфейса - дисплей, отображающий какой-то параметр и 2 кнопки для увеличения-уменьшения.
Он активно используется в GUI, его определение вы, вероятно, нашли в файле конфигурации экрана - cnc-screen.xml
3. Число пульсов энкодера на оборот сейчас выбирается из списка. Список был принципиально фиксированным для контроллера ЕТ5.
Сейчас можно сделать это число произвольным.
4. Одно время было много запросов на систему обратной связи по пульс-дир. Убеждали, что должна быть востребована идея на систему
с шаговиками и дерьмовой механикой повесить линейки и кардинально повысить точность.
ПИД в такой системе замешивает добавочный сигнал в pulse-dir. При выключенном ПИД (например, нулевые коэффициенты) pulse-dir выход
работает как обычно. В моем понимании, для компенсации люфта, ПИД должен иметь очень вялую характеристику (в основном интегральную)
и выбирать постоянную составляющую ошибки между расчетным и реальным (с линейки) положением. В таком случае настройка ПИД не
представляется сильно сложной и выполняется (как и для многих других систем с ПИД) по методу польского инженера Тыка.
На осциллографе в софте все достаточно наглядно, можно менять коэффициенты и смотреть как это сказывается на рассогласование при движении.